Zwischen der zeitweiligen Residenz Salzderhelden und dem nahe gelegenen Einbeck, der neben Osterode wichtigsten Stadt im Fürstentum Grubenhagen, bestanden intensive Beziehungen. Obgleich die Stadt Einbeck bestrebt war, nach und nach herzogliche Rechte, wie niedere Gerichtsbarkeit und Münzprägung, verpfändet oder verkauft zu erhalten, blieben die Grubenhagener Herzöge stets die Stadtherren.
Dieses Verhältnis kommt deutlich zum Ausdruck, wenn z. B. herzogliche Urkunden, die in Einbeck ausgestellt worden waren, mit dem Satz schließen: geschrieben in unserem Rathaus zu Einbeck in Gegenwart unseres Rates. Gleichwohl muss betont werden, dass Einbeck aufgrund seiner wirtschaftlichen Stärke, der erworbenen ehemals herzoglichen Rechte und nicht zuletzt durch die Schwäche der Grubenhagener Welfen eine gewisse Unabhängigkeit erlangen konnte, die es der Stadt erlaubte, zeitweise dem Landesherren zu trotzen und ihn zu befehden.
Ein besonderes Verhältnis verband die Herzöge mit den beiden Stiften der Stadt, St. Alexander und St. Marien. Nicht unwesentlich spielt dabei das Patronatsrecht eine Rolle. Im Gegensatz zum benachbarten Petersstift in Nörten, das der Mainzer Erzbischof Lupold im Jahre 1065 gegründet hatte, besaßen die Welfen das Patronat über beide Einbecker Stifte, konnten also ihnen genehme und ergebene Pröpste präsentieren, wodurch letztlich der erzbischöfliche Einfluss stark gemindert wurde. Bezeichnenderweise entstammten innerhalb des Zeitraumes von 1313 bis 1464, also etwa kurz nach dem Entstehen der Grubenhagener Linie bis zur Teilung 1481, von sieben Pröpsten des St. Alexander-Stifts allein fünf dem welfischen Herzoghaus und bestimmten so für über ein Jahrhundert. die Geschicke dieses Stiftes. Besondere Bedeutung kommt insbesondere dem Stift St. Alexander als dem eigentlichen Hausstift der Grubenhagener Welfen im 14. und 15. Jahrhundert zu. Eine wesentliche Aufgabe erfüllte dieses Stift durch die Ausbildung von Geistlichen für die herzogliche Kanzlei und Hofkapelle. Bereits die frühen Urkunden der Grubenhagener Herzöge weisen eine Beteiligung von Einbecker Kanonikern an den Kanzleigeschäften aus. Manche Geistlichen brachten es sogar zum magister filiorum ducis (Erzieher der herzoglichen Söhne). Im 16. Jahrhundert nahmen Stiftskanoniker vor und nach der Reformation mehrfach das Amt des Kanzlers im Herzogtum wahr.
Eine Vorstellung von der Bedeutung des Alexanderstifts erhält man zudem, stellt man sämtliche Grablegen von Mitgliedern des Grubenhagener Herzoghauses in den Grenzen des Herzogtums von 1580 zusammen. Die 32 bekannten Grablegen verteilen sich wie folgt: 14 Gräber in Einbeck, 3 Gräber in Herzberg, 15 Gräber in Osterode. Dieses zahlenmäßig scheinbar ausgeglichene Verhältnis zwischen den beiden Hauptorten des westlichen und östlichen Teilfürstentums wird umso interessanter, erstellt man eine chronologisch geordnete Liste dieser Grablegen. Dabei entfallen bis zur Teilung des Fürstentums 1481 von 15 Grablegen insgesamt 11 auf Einbeck, auf Osterode hingegen nur 4 Grablegen, wobei allein drei der vier in Osterode begrabenen Mitglieder des Herzoghauses als Nonnen im dortigen Jakobikloster gelebt hatten. Entsprechend entfallen von den 17 Grablegen nach der Teilung 1481 insgesamt 11 auf Osterode, 3 auf Herzberg, 3 auf Einbeck, wobei es sich bei den drei in Herzberg bestatteten Mitgliedern des herzoglichen Hauses um frühverstorbene Kinder handelt.
Deutlich kristallisiert sich also vor 1481 Einbeck, nach 1481 Osterode als Begräbnisort des Herzoghauses heraus. Diesem Ergebnis dürfte eine Verlagerung der Hauptresidenz vom westlichen Teilherzogtum mit der Residenz Salzderhelden zum östlichen Teilherzogtum mit der Residenz Herzberg entsprechen.
